Struktuur

Liikmed

Liikmed kujundavad organisatsiooni tugevuse ja näo.

Osakond

Osakonna võivad moodustada vähemalt viis ühes ettevõttes või selle struktuuriüksuses või piirkonnas töötavat EMT AÜ liiget. 
Liikmed valivad enda hulgast usaldusisiku, kes juhib ja korraldab osakonna tööd ning kes esindab liikmeid valitud esindajana ametiühingute seaduse mõttes osakonna tasandil ja nimel.
Osakonna moodustamisest teatab osakonna usaldusisik EMT AÜ juhatusele, esitades osakonna moodustamise taotluse volikogule kinnitamiseks. 
Osakond võib valida oma osakonna juhatuse. 
Osakonna liikmete üldkoosolek on osakonna kõrgeim juhtorgan.

Juhatus

Igapäevaselt juhib ja korraldab EMT AÜ tegevust juhatus.
Juhatuse liikmete alammäär on kolm liiget ja ülemmäär viis liiget, sealhulgas EMT AÜ esimees.

Volikogu

Üldkoosolekute vahelisel ajal on kõrgeim juhtorgan volikogu, kes täitab üldkoosoleku ülesandeid oma pädevuse piires. Volikogu toimub vähemalt kaks korda aastas.
Volikogu liikmeteks on osakondade poolt esitatud osakondade esindajad.
Iga osakond esitab ühe volikogu liikme ja ka ühe asendusliikme, kes osaleb volikogu koosolekul siis, kui põhiliige mingil põhjusel ei saa osa võtta.

Üldkoosolek

Liikmete kõrgeim juhtorgan on EMT AÜ üldkoosolek, mis toimub üks kord viie aasta jooksul. Iga osakonna liikmed valivad üldkoosolekule vähemalt ühe esindaja ehk delegaadi. Delegaatide esindusnorm teatatakse EMT AÜ juhatuse poolt.
Üldkoosolek võtab vastu kõige olulisemad otsused organisatsioonis.